Процессуальными полномочиями начальника следственного отдела наделены начальники: Следственного комитета при МВД РФ, управлений, отделов, отделений, групп при органах внутренних дел, соответствующих подразделений органов прокуратуры, федеральных служб безопасности и наркоконтроля, а также их заместители, действующие в пределах своей компетенции.
Закон предоставляет начальнику такого рода право поручать производство по делу нескольким следователям, отменять незаконные и необоснованные постановления следователя или вносить прокурору ходатайства об отмене таких постановлений, изымать дело у одного следователя и передавать его другому следователю, создавать следственные группы, проверять уголовные дела, возбуждать уголовные дела. Он также вправе давать указания следователю о производстве следствия, привлечении конкретного лица в качестве обвиняемого, квалификации преступления и объеме обвинения, направлении дела, производстве отдельных следственных действий, участвовать в следствии, лично расследовать дело, пользуясь всеми полномочиями следователя.
Указания начальника следственного отдела следователю даются в письменной форме и обязательны для исполнения, но могут быть обжалованы прокурору. Обжалование не приостанавливает их исполнения, за исключением случаев, когда указание касается привлечения лица в качестве обвиняемого, квалификации преступления, объема обвинения, избрания меры пресечения, а также производства следственных действий, которые допускаются только по судебному решению. При этом следователь вправе представить прокурору материалы уголовного дела и письменные возражения на указания начальника следственного отдела.
Существование такой процессуальной фигуры ни в коей мере не умаляет роли и значения прокурора при расследовании преступления. Указания прокурора по уголовным делам обязательны для начальника следственного отдела, а обжалование им таких указаний вышестоящему прокурору не приостанавливает их исполнения.