Церковь сыграла видную роль в событиях Смутного времени. Ее авторитет еще более повысился в 20-е гг. 17 в., когда патриарх Филарет, отец Михаила Романова являлся фактическим правителем страны до своей смерти в 1633 г.
В 40-е гг. 17 в. в Москве сложился Кружок ревнителей древнего благочестия. В него входили Иван Неронов, Аввакум Петров, Никита Минов и другие. Их стремления сводились к исправлению церковных служб и книг от накопившихся в них за века ошибок и искажений. Однако одни считали, что за основу надо взять древнерусские рукописные книги, другие - греческие. В 1652 г. Никита Минов стал патриархом под именем Никона.
Церковная реформа проводилась грубыми методами. Старые книги отбирались и сжигались. Повсеместно проявлялась оппозиция реформе. В 1666 г. церковный собор, отстранив Никона, вместе с тем объявил
проклятие всем противникам реформы. После этого раскол в России разгорелся с еще большей силой. В числе активных сторонников старого обряда были представители всех слоев общества, вплоть до бояр. Таким образом, движение старообрядцев имело чисто религиозные истоки. Однако в условиях средневековья, когда любые общественно-политические взгляды облекались в религиозные формы, а церковь выступала в союзе со светской властью, старообрядчество приняло характер не только религиозного, но и социального протеста, направленного как против официальной церкви, так и против крепостнического государства. Одним из оплотов антиправительственных сил стал Соловецкий монастырь, где с 1666 по 1676 гг. происходило восстание, объединившее защитников старой веры, монахов с крестьянами, беглыми холопами . Царские войска захватили монастырь после длительной осады. В это время разворачиваются массовые гонения на старообрядцев. В 1681 г. было запрещено распространение древних книг. В 1682 г. по приказу царя Федора был сожжен вождь раскола Аввакум. Позднее был издан закон окончательно запретивший любую деятельность старообрядцев. Ответом было массовое бегство на безлюдные окраины и самосожжение - крайняя форма пассивного социального протеста.