Для политической жизни Московской Руси была характерна борьба клановых группировок знати за влияние на великого князя, за наиболее значительные позиции в Думе, в командовании войсками, на местах.
Родовая групповщина вела к преобладанию междуфамильных счетов над сословными интересами, не позволяла боярству сплотиться в стойкий политический класс, способный эффективно бороться за реализацию своих государственно-политических интересов. Это в полной мере показал период боярского правления /1538-1547 гг./.
В 1538 г. Елена внезапно умерла. Управление страной берет на себя Боярская дума. Основная борьба разворачивается между группировками Шуйских и Бельских. Она сопровождалась беззакониями, расхищением государственного имущества. В 1543 г. в борьбу вмешивается юный Иван IV. По его приказу был схвачен и убит глава тогдашнего правительства князь Шуйский. К власти вновь пришел клан Глинских.
Период боярского правления повел к ослаблению центральной власти, усилению бесконтрольности и злоупотреблений кормленщиков . Недовольство правящими группами со стороны общества вылилось в московское восстание летом 1547 г., в ходе которого были разграблены усадьбы Глинских. Волнения произошли и в других городах.
К положительному наследию боярского правления следует отнести губную реформу. По ней от наместников изымались дела о разбое и воровстве и передавались выборным лицам из местных дворян, т.н. губным старостам. Это был реальный шаг к реорганизации управления на сословно-представительных началах.
Но в целом итоги боярского правления негативны. Оно привело не только к обострению социальных противоречий, но и к ослаблению международных позиций России. Враждебную России позицию заняло Казанское ханство, до тех пор подконтрольное Москве. Замерли отношения с европейскими странами. По оценке Ключевского, десятилетие боярского правления "прошло не только бесплодно для политического положения боярства, но и уронило его политический авторитет в глазах русского общества. Все увидели, какая анархическая сила это боярство, если оно не сдерживается сильной рукой".