Княжение Василия II, кроме политической, сопровождалось и церковной смутой. В 1439 г. на соборе во Флоренции была подписана "уния" т.е. соглашение об объединении православной и католической церквей под верховной властью папы римского. Греческое духовенство и византийский император согласились на унию, надеясь получить помощь от Западной Европы в борьбе против турок. Акт подписал и русский митрополит, грек по национальности, Исидор. Принятие унии втягивало Русь в орбиту политики Ватикана, стремившегося в интересах католической Европы столкнуть Русь с Турцией.
Также в Руси Ватикан видел новый источник доходов через продажу индульгенций и приобретение имуществ. Однако Василий II и русское духовенство отказались признать унию. Исидор был низложен. В 1448 г. на соборе русских епископов, без ведома Константинополя, митрополитом был избран рязанский епископ Иона. Русская церковь стала фактически независимой /автокефальной/.