С расширением колониальных владений увеличивался построенный на командно-бюрократической основе центральный и местный аппарат колониального управления, во главе которого с 1894 г. было поставлено специальное министерство колоний. Система управления в отдельных колониях стала определяться их правовым статусом.
Исторически в особую группу выделились так называемые старые колонии (Гвиана, Мартиника, Гваделупа, Сенегал, Реюньон, Кохинхина), в которых, как и в Алжире, французское правительство проводило политику насильственной ассимиляции. Оно рассматривало их территорию как составную часть самой Франции. В старых колониях действовало законодательство метрополии, создавались "полноправные коммуны" и суды, входившие в общую административно-судебную систему Франции. Верхи населения этих колоний участвовали в выборах во французский парламент.
В 70-х гг. была проведена реформа управления в Алжире, который по французскому образцу был поделен (за исключением районов, где сохранялся военный режим) на департаменты и округа, возглавляемые префектами и супрефектами. Общее руководство администрацией в Алжире осуществлял генерал-губернатор, подчинявшийся министру внутренних дел. Верхушка арабского населения допускалась в так называемые высший правительственный совет и финансовые делегации, принимавшие участие в разработке бюджета для Алжира.
В остальных колониях Франции (так называемых аннексированных территориях, или новых колониях) система управления была лишена даже внешних признаков демократизма и всяких форм представительства. Колонии управлялись губернаторами, сосредоточившими в своих руках военную и гражданскую власть. В ряде случаев несколько колоний объединялись в генерал-губернаторство. Так, губернатор Сенегала считался генерал-губернатором Западной Африки. В 1904 г. было оформлено объединение Сенегала, Гвинеи, Берега Слоновой Кости, Дагомеи, Судана, Верхней Вольты, Мавритании и Нигера во Французскую Западную Африку под управлением особого генерал-губернатора. В 1910 г. с объединением Габона, Французского Конго, Убанги-Шари и Чада образовалось генерал-губернаторство Французская Экваториальная Африка.
Новые колонии распадались на более мелкие административно-территориальные единицы - округа, во главе которых стояли чиновники из метрополии. В низшие звенья администрации колонизаторы нередко назначали представителей местной религиозной и племенной знати (вождей), которые помогали им поддерживать порядок и обеспечивать выполнение повинностей населением колоний. Таким образом, в этих колониях действовала система так называемого прямого колониального управления (в отличие от английской системы косвенного колониального управления).
В Третьей республике к концу XIX в. в отношениях "метрополия - колонии" более широкое распространение получили протектораты (Марокко, Тунис и др.). Сохранение в протекторатах традиционной феодальной или племенной системы управления (во главе с султанами, беями) позволяло колонизаторам привлечь на свою сторону местную традиционную правящую верхушку и использовать ее влияние для укрепления своего господства. Кроме того, создавая систему протекторатов, французское правительство несло меньшие расходы по содержанию колониального управленческого аппарата. Во всех протекторатах деятельность традиционных властей ставилась под полный контроль особых французских чиновников (генеральных резидентов, верховных комиссаров).
Бюрократический стиль управления колониями имел результатом и жесткую регламентацию правового статуса их жителей. В колониальных владениях Франции местное население делилось на три неравные по численности и по правовому положению группы. Первую, самую немногочисленную, составляли "французские граждане", уроженцы метрополии и самих колоний. Из них формировалась верхушка колониального общества, им принадлежала основная масса земель колонизационного фонда.
Во вторую группу входили "развивающиеся именитые жители" колоний. Поскольку они находились в сфере действия местного обычного права (в мусульманских странах - шариата), на них не распространялись привилегии, связанные с французским гражданством, но их традиционные личные и имущественные права признавались французской администрацией.
Третья группа, к которой принадлежало абсолютное большинство населения колоний, состояла из "французских подданных". Колониальные власти исходили из того, что эта группа населения колоний была еще "не подготовлена" для получения французского гражданства. Имущественные и личные права "подданных" не гарантировались, а практически открыто попирались колонизаторами.
Коренное население колоний во многом зависело от произвола колониальной администрации. Декретом президента Франции 1887 г. окружные колониальные власти получили право без суда и следствия подвергать заключению лиц, не имеющих французского гражданства, на срок до двух недель и налагать на них штраф до 100 франков. Губернаторы имели право заключать в тюрьму "подозрительных лиц" без ограничения срока и производить секвестр их имущества. "Подозрительным" мог быть объявлен любой подданный, который отказывался "добровольно" уступить за бесценок свою землю колониальным властям, бесплатно выполнять тяжелые строительные повинности и т. д.
Но, разумеется, деятельность метрополии не сводилась лишь к принуждению и к репрессивным мерам. Колониальная администрация в период Третьей республики осуществляла, хотя еще и в незначительной степени, общецивилизационную миссию: организацию образования, оказание помощи голодающим, борьбу с тропическими болезнями и т. д.