Согласно Закону XXIX "О тюрьмах" "Тайхо Ёро рё" процесс носил смешанный обвинительно-инквизиционный характер. Судебное дело начиналось как с заявления казенного учреждения, так и отдельного лица. Широко практиковались доносы "публичные" и "тайные", то есть те, которые не объявлялись публично и следствие по которым носило приватный характер.
Донос был обязателен для близких родственников жертвы. Если они не доносили в течение 36 дней об убийстве, то подвергались наказанию как соучастники. Если речь шла о мятеже, "оскорблении величества", то доносителя прямо доставляли к императору. Но нельзя было доносить на преступника его близким родственникам и слугам.
Расследование проводилось специально назначенными следователями. Примечательно, что они могли быть заменены вследствие родства с преступником или особых с ним отношений. Следователям запрещалось высказываться о виновности или невиновности подследственных. В случае совершения тяжких преступлений практиковалось предварительное заключение под стражу и доносителя и подозреваемого. Чиновник, ведущий следствие, должен был удостовериться в полноценности улик. При тяжких преступлениях, неясности улик, запирательстве подследственного разрешалось применение пыток, но не более трех раз и с интервалами в 20 дней. Особенно тщательное ("тройное") следствие проводилось, если речь шла о мятеже.
Суд не был отделен от администрации. Судебное дело полагалось возбуждать по месту приписки истца, например, в уездном управлении или, при невозможности до него добраться, в ближайшем казенном учреждении.
Подсудность дела определялась как по месту совершения преступления, так и по степени его важности, тяжести возможного наказания. Дела о каторге и срочной ссылке решались провинциальными управлениями, а те, по которым предполагалось более тяжкое наказание, передавались на рассмотрение в Министерство юстиции.
Специальные судьи и следователи этого министерства (в Японии не было, как в Китае, Высшего суда) не только проводили расследование важных дел, но и проверяли и пересматривали приговоры, вынесенные низшими инстанциями, решали вопрос о взыскании долгов.
В ведении Министерства юстиции было два управления: управление взысканий, проводящее конфискацию имущества и взыскивающее штрафы в пользу казны, и тюремное управление, осуществляющее надзор за подследственными, за принудительными работами заключенных, за исполнением приговоров.
В обязательном порядке в Министерство юстиции передавались дела, сопряженные со смертной казнью, бессрочной ссылкой или увольнением чиновников с исключением их из списков. Некоторые дела направлялись для рассмотрения в Государственный совет, который мог проводить с помощью специальных законоведов-следователей дополнительное расследование и прекращать их. Правильность судебных решений на местах Государственный совет проверял также с помощью своих специальных инспекторов. О делах, связанных со смертной казнью, бессрочной ссылкой и исключением чиновников из списков, докладывали императору, который выступал в качестве высшей апелляционной инстанции.