Автор теории, вошедшей в историю политической мысли под названием "Москва – третий Рим", был иосифлянином по своей идеологической направленности. Его учение развивало и уточняло главные иосифлянские идеи о природе царской власти, ее назначении, взаимоотношения с подданными и церковной организацией.
Наиболее подробно у Филофея разработан вопрос о значении законной царской власти для всей русской земли. В Послании к великому князю Василию Ивановичу он возводит династическое родословие русских князей к византийским императорам, указывая Василию III, что править ему следует по заповедям, начало которым было положено великими прадедами, в числе которых называются "великий Константин... Блаженый святой Владимир и великий и Богоизбранный Ярослав и прочие... их же корень до тебе".
Много внимания он уделял теме о божественном происхождении царской власти. Царь "поставлен от Бога" и "сердце царево в руке Божией, он слуга бо есть Божий". Ему поручено в силу божественного промысла "осуществлять наказание всем людям содеювающим неправду". Он – "высокостолпнейший государь и самодержец, Боговенчанный христианский царь, браздодержатель, всем христианским исполнением обладающий". Он и "веры содержитель", и "соблюдатель всех христоименитых людей". На нем лежит обязанность заботиться о своих подданных, а для этого необходимо содержать свое "царствие со страхом Божиим", к чему обязывает князя "скипетр в руке" и "венец на голове", и быть властелином над своими подвластными, ибо "который царь не властвует над подвластными", тот "не избегнет суровой Божьей кары". Так, его государство может постичь "трус" (землетрясение), или "море потопи" (затопление), или "земля пожре" (мор).
Многократно обращается Филофей к описанию образа держателя верховной власти, разрешая его традиционно. Царь строг ко всем, кто отступает от "правды", но заботлив и справедлив в отношении всех своих подданных, в его обязанности входит утешать "плачущих и вопиющих... избавлять обидимых от руки обидящих".
Высокое представление о царской власти подтверждается требованиями безоговорочного подчинения ей со стороны подданных. По мысли Филофея, все подданные дают обет государю волю его "творити и заповеди хранити во всем", а если и придется кому-либо понапрасну терпеть "царское великое наказание", то возможно выразить свою печаль только "горьким стенанием и истинным покаянием". В обязанности государя вменяется забота не только о подданных, но и о церквах и монастырях. Духовная власть подчиняется светской, правда, с оставлением за духовными пастырями права "говорить правду" лицам, облеченным высокой властью. Он, как и его предшественники, настаивает на необходимости законных форм реализации власти. Так, Ивану Васильевичу он советует жить праведно и следить за тем, чтобы и подданные его жили по законам.
В своих Посланиях Филофей поднялся до понимания исторических перспектив политического развития России, видел и понимал значение объединительной политики и ее ближайших и отдаленных последствий. Анализ современных мыслителю исторических событий, определивших судьбу его родины в острополитической ситуации конца XV – начала XVI в., приводит автора к мысли, что именно сейчас и наступил тот момент, когда Россия стала объектом высшей провиденции. Ее судьба не может представляться религиозному мыслителю отдельно от судьбы православия. Только верное православию государство может быть объектом промысла божия, и в данный момент, считал Филофей, есть все доказательства, что им стала Россия: ныне "вся христианские царства попраны от неверных... придоша в конец и снидошася во едино царство нашего государя". И произошло это в осуществление древних пророчеств: "два убо Рима падоша, а третий стоит, а четвертому не быти".
Сохранившая верность православию, Россия непобедима, она сбросила татарское иго, ныне успешно обороняет свои границы и возвышается в глазах современников еще и благодаря успехам на дипломатическом поприще. Величие и славу России Филофей сравнивает с величием и славой Рима, и особенно Византии, которая в глазах всех русских считалась великим государством. Ее блеск, слава и могущество не исчезли, а перешли к стране, возглавляемой великим русским князем.
Развитая Филофеем в политическую теорию формула "третьего Рима" была не нова для литературы XV–XVI столетий. Сказания о наследовании той или иной страной религиозно-политического величия были известны еще в Византии. Перо Филофея приблизило их к современным условиям политико-правовой жизни русского общества.
Некоторые исследователи усматривали в идее провиденциализма элементы агрессии, выражение желания распространения влияния России, в той или иной форме, на другие страны. Подобное толкование доктрины Филофея неоправданно. Несомненно, православие представлялось мыслителю единственной истинной верой, обеспечивающей человеку путь к спасению, а государству – к процветанию. Именно поэтому он прочно связывает с ним судьбу России, чем и объясняется призыв ко всем христианам видеть в лице Москвы оплот православия, а следовательно, защиту и поддержку для каждого из них лично. Но в доктрине отсутствуют призывы к захвату других стран с целью их присоединения к Московскому государству. Нет в ней и речи о том, чтобы отдельные лица, не исповедующие православие, перешли бы в эту религиозную конфессию.
Современники так и восприняли теорию псковского старца. Никогда она не служила – ни во время жизни мыслителя, ни впоследствии – оправданием или обоснованием каких-либо агрессий.
Политическая программа Филофея не исчерпывается только вопросами, касающимися организации и деятельности общерусской государственной структуры под главенством единого великого князя (а затем и царя). Большое внимание уделялось Филофеем и формам идеологического воздействия на население со стороны государственной власти, вопросам внутренней свободы православного христианина в государстве. Резко и категорически он выступил против свободы суждений и особенно против научных исследований. Видимый мир, по мнению Филофея, не только не следует преобразовывать, но грешно даже изучать. "Несовершенным (т. е. людям. – Н. 3.) Апостол выше силы не велел пытати". Здесь Филофей не признает никаких земных авторитетов. Наука – запретный плод не только для простецов, но и для царей, и святителей, и всех вельмож, и прочих всех людей, ибо это опасное и вредное занятие. Всю дохристианскую культуру автор Посланий отрицает. Своим согражданам он советует от ученых "бегати, яко кто бежит от змия", объявляя единственным источником всех знаний только "слово Бога".
Теория Филофея "Москва – третий Рим" получила большое распространение, она неоднократно воспроизводилась средствами живописи, включалась в состав храмовых росписей и других эпохальных живописных и литературных произведений и была усвоена русским общественным мнением. Отдельные ее формулы воспроизведены в чине венчания Ивана IV на царство, и в этом плане вполне возможно считать ее доктриной, получившей официальное признание.