Контроль за обеспечением защиты государственной тайны осуществляют Президент РФ, Правительство РФ в пределах полномочий, определяемых Конституцией РФ, федеральными конституционными законами и федеральными законами.
Межведомственный контроль за обеспечением защиты государственной тайны в органах государственной власти, на предприятиях, в учреждениях и организациях осуществляют органы федеральной исполнительной власти (Федеральная служба безопасности РФ, Министерство обороны РФ, Федеральное агентство правительственной связи и информации при Президенте РФ), Служба внешней разведки РФ, Государственная техническая комиссия при Президенте РФ и их органы на местах, на которые эта функция возложена законодательством РФ.
Органы государственной власти, наделенные в соответствии с Законом «О государственной тайне» полномочиями по распоряжению сведениями, составляющими государственную тайну, обязаны контролировать эффективность защиты этих сведений во всех подчиненных и подведомственных их органах государственной власти, на предприятиях, в учреждениях и организациях, осуществляющих работу с ними.
Контроль за обеспечением защиты государственной тайны в Администрации Президента РФ, в аппаратах палат Федерального Собрания, Правительства РФ организуется их руководителями.
Контроль за обеспечением защиты государственной тайны в судебных органах и органах прокуратуры организуется руководителями этих органов.
Надзор за соблюдением законодательства при обеспечении защиты государственной тайны и законностью принимаемых при этом решений осуществляют Генеральный прокурор РФ и подчиненные ему прокуроры.