Наряду с участием прокурора другой формой защиты публично-правовых интересов в арбитражном процессе является участие в деле государственных органов, органов местного самоуправления и иных органов. Данный институт арбитражного процесса схож с институтом защиты прав других лиц в гражданском процессе на основании ст.46 ГПК. Однако в отличие от него в арбитражном процессе государственные органы, органы местного самоуправления и иные органы вправе только обратиться с иском в арбитражный суд в защиту государственных и общественных интересов в случаях, предусмотренных федеральным законом. АПК не предусматривает такой формы участия, как дача заключения. Кроме того, обращение в суд общей юрисдикции в порядке ст.46 ГПК имеет, прежде всего, целью защиту интересов других лиц, а ст.53 АПК ориентирует в основном на защиту публичных интересов, в том числе включающую и защиту прав других лиц (истцов, указанных в ч.4ст.53АПК).
Поэтому под ст.53 АПК подпадает практически любое участие государственных органов и органов местного самоуправления, связанное с реализацией их компетенции и властных полномочий. При этом государственные органы, органы местного самоуправления и иные органы не являются непосредственными выгодоприобретателями по решению арбитражного суда, поскольку предъявленный ими иск направлен на защиту публичных интересов. Согласно ч.4 ст.53 АПК защита публичных интересов вполне может совпасть с защитой интересов конкретного истца как участника спорного материального правоотношения (который и будет в данном случае выгодоприобретателем в случае удовлетворения иска), однако для данных органов предъявление иска может быть обусловлено только защитой интересов государства и общества.
Одновременно любой из государственных органов и органов местного самоуправления может выступать в арбитражном процессе как обычный субъект гражданского оборота, например, по искам, связанным с ремонтом занимаемого помещения, приобретением необходимого для работы оборудования, использованием коммунальных услуг, причинением вреда имуществу и др. В таких случаях соответствующий государственный орган занимает положение обычной стороны в арбитражном процессе (ст.44 АПК).