Новое процессуальное законодательство полностью не смогло исключить все случаи возможных коллизий подведомственности. Здесь основная роль будет принадлежать судебной практике, которая при условии устойчивости нормативной основы со временем восполнит пробелы и разночтения законодательства.
Например, даже в отношении дел, отнесенных к специальной (исключительной) подведомственности дел арбитражным судам, имеется ряд вопросов разграничения подведомственности судов общей юрисдикции и арбитражных судов, особенно в отношении толкования п.4ч.1 ст.ЗЗАПК.
Кроме того, сохранились правила множественной подведомственности ряда категорий дел судам общей юрисдикции и арбитражным судам в зависимости от критерия субъектного состава. Так, дела из гражданских правоотношений (кроме перечисленных в ст.33 АПК) по-прежнему подведомственны арбитражным судам, если сторонами спора являются юридические лица и (или) граждане, имеющие статус индивидуальных предпринимателей. В остальных случаях они подведомственны судам общей юрисдикции. Однако, будучи возбужденными в арбитражном суде в соответствии с правилами комментируемой статьи, такие дела уже не изменяют свою подведомственность в дальнейшем и рассматриваются в арбитражном процессе.