Экономические споры, возникающие из гражданских, административных и иных правоотношений (связанных с предпринимательской и иной экономической деятельностью), разрешаются различными органами гражданской юрисдикции. Во-первых, государственными органами судебной власти - в основном арбитражными судами, а также судами общей юрисдикции.
Во-вторых, государственными органами исполнительной власти, в основном в предварительном внесудебном порядке, например налоговыми органами, когда последним предоставлено право бесспорного взыскания. В настоящее время создан ряд квазисудебных административных юрисдикции в рамках органов исполнительной власти специально для разрешения правовых конфликтов, например Палата по патентным спорам Российского агентства по патентам и товарным знакам.
В-третьих, в частноправовом порядке: в согласительном порядке сторонами (при наличии установленного федеральным законом обязательного претензионного порядка разрешения спора), а также третейскими судами, международными коммерческими арбитражами как органами частноправового применения.
Возможно также использование института посредничества для разрешения экономических споров, однако такая частноправовая деятельность не имеет достаточной нормативной основы.