К числу наиболее интересных и перспективных в научном плане проблем помимо создания теории собственно хозяйственной юрисдикции, позволяющей понять необходимость ее функционирования в той либо иной организационной и правовой форме, можно отнести проблемы понятия и содержания принципов арбитражного процессуального права; разграничение подведомственности между арбитражными судами и иными органами судебной власти, другими органами гражданской юрисдикции; проблемы использования различных до- и внесудебных форм урегулирования экономических споров; специализацию в рамках органов хозяйственной юрисдикции; поиск путей рационализации, оптимизации и упрощения арбитражной процессуальной формы; коллегиальность и участие арбитражных заседателей в арбитражном процессе; понимание современной системы арбитражного процессуального права; возможности и необходимость дальнейшей дифференциации арбитражной процессуальной формы в связи с появлением особого производства,производства по делам о несостоятельности и т.д.; соотношение частного и публичного в хозяйственной юрисдикции; частноправовые формы разрешения экономических споров; проблемы устранения судебных ошибок в арбитражном процессе и соотношение в связи с этим различных форм пересмотра судебных актов арбитражных судов; проблемы реализации актов арбитражных судов.
Все большее значение приобретает научное осмысление проблем вхождения России в единое мировое правовое пространство, взаимодействие различных судебных систем и влияние международных договоров и международного правосудия на национальное процессуальное законодательство и практику его применения.
Интересным теоретико-прикладным направлением научных исследований может стать изучение особенностей рассмотрения и разрешения отдельных категорий дел, подведомственных арбитражным судам. Такого рода работы, количество которых весьма значительно в науке гражданского процессуального права, позволяют проследить действие норм арбитражного процессуального права и взаимосвязи реализации процессуальных и материальных норм в связи с разрешением какой-либо категории дел. Безусловно, есть ряд и других проблем теоретико-прикладного характера, которые будут возникать по мере совершенствования и развития арбитражного процесса.